Une caractéristique remarquable de la politique étrangère nord-coréenne de la fin des années 1990 et des années 2000 réside dans son changement d’attitude au niveau de ses relations diplomatiques avec la Corée du Sud. Celle-ci y a d’ailleurs répondu par sa politique dite de la main tendue, la « Sunshine policy », qui a fortement participé au maintien et au développement de l’ouverture diplomatique nord-coréenne. La visite en Corée du Nord, en 1998, du président de Hyundai, Jung Ju-young, son cadeau de 500 têtes de bétail, ainsi que les débuts du projet touristique aux monts Geumgang ont également contribué à changer la donne des relations intercoréennes. A noter aussi le projet du parc industriel de Gaesong, qui impliquait la construction d’un complexe industriel dans la région de Gaesong, en Corée du Nord, en recourant à la coopération Nord-Sud : le Sud fournirait les capitaux ; le Nord, le terrain et à la main d’œuvre.

Les dirigeants du Nord et du Sud se rencontrent le 13 juin 2000 pour la première fois depuis la division de la péninsule.

En 2000, le président Kim Dae-jung s’est rendu à Pyongyang pour une rencontre au sommet avec Kim Jong-il, qui a abouti à la déclaration conjointe du 15 juin, composée des cinq principes-clés suivants :
△ des efforts de part et d’autre pour réaliser la réunification,
△ la recherche d’un terrain d’entente entre les perspectives respectives du Nord et du Sud sur la réunification,
△ des échanges et une coopération soutenus,
△ les retrouvailles des familles séparées et le règlement de la question des « prisonniers non convertis » à l’idéologie nord-coréenne,
△ la reprise des discussions bilatérales Nord-Sud.

Des projets ont été évoqués avec beaucoup d’enthousiasme, comme celui des retrouvailles des familles séparées ou celui des pourparlers au niveau ministériel. La voie était aussi ouverte pour des discussions entre les autorités militaires et d’autres responsables. D’autres projets ont été initiés comme celui de raccorder les lignes de chemin de fer dans les régions côtières de l’est et de l’ouest, ou de permettre des interactions entre les civils sous la forme d’une cérémonie conjointe.

Aussi, la participation des athlètes et des supporters nord-coréens aux Jeux asiatiques de Busan en 2002 a montré combien les relations intercoréennes s’étaient améliorées. Les monts Geumgang, qui ont attiré plus d’un million de touristes sud-coréens, sont également symboliques de ce rapprochement.

La stabilité du pouvoir de Kim Jong-il n’a pas eu pour effet de rendre l’économie stable et florissante. Des limites, liées à la structure-même du système, subsistaient et l’isolement de l’économie a empiré sous l’effet de facteurs extérieurs. Les trois années de la période de « transition » lancée en 1994 n’ont pas produit de résultats substantiels. La Corée du Nord dépendait encore de l’aide internationale pour répondre aux besoins alimentaires de sa population ainsi que de la Chine et de la Corée du Sud pour le commerce. Le manque de capitaux, de technologies et d’informations ne lui permettait d’ailleurs pas d’envisager de réussir par elle-même sa croissance. La création de la zone économique spéciale de Sinuiju avait pour objectif de pallier ces difficultés.

Sinuiju n’était pas la première zone économique spéciale mise en place par la Corée du Nord. Le projet d’instaurer une zone de libre-échange dans le port de Najin, ainsi que dans la région de Sonbong, tous deux situés dans la province du Hamkyung, avait été lancé en 1991. Ce projet avait l’ambition de créer un point relais pour le fret international, un centre industriel d’exportation, ainsi qu’un centre touristique et financier. Les nombreux efforts légaux et institutionnels n’ont toutefois pas suffi à assurer la réalisation de ce projet, qui a pâti de l’environnement social claustrophobe, d’infrastructures inadaptées et d’une faible crédibilité.

La zone économique spéciale de Sinuiju se distinguait grandement de la zone de libre-échange Najin-Sonbong. Lors d’une visite en Chine, Kim Jong-il a pu observer les réformes en cours et la tendance à la libéralisation. Il aurait remarqué que c’était « un nouveau monde » qui se créait là. La ZES de Sinuiju était un projet ambitieux qui voyait le jour à un moment où le plan « tampon » avait échoué et où les autorités nord-coréennes étaient à court d’idées. L’idée de cette zone a été annoncée lors d’une session de l’Assemblée suprême du peuple le 12 septembre 2002. Cette zone constituerait un « Etat dans l’Etat », pareillement à Hong Kong, puisqu’elle aurait le statut de « région administrative spéciale » dirigée par son propre gouverneur.

On allait très bien surveiller l’activité industrielle et commerciale mais aussi les droits de propriété privée. Située à côté de la Chine et de la mer Jaune, la zone est facilement accessible pour les étrangers et leurs capitaux. Au milieu de la fanfare internationale qui entourait l’événement, on nomma comme premier gouverneur de la zone l’homme d’affaires chinois Yang Bin. Lorsque ce dernier a été arrêté par la Chine pour corruption, le projet a sombré et on n’en a plus jamais entendu parler depuis.

L’accord de Genève de 1994 avait mis momentanément en veilleuse la question des armes nucléaires nord-coréennes. Toutefois, des soupçons vis-à-vis d’un programme nucléaire à Kumchangri ont ramené la controverse au premier plan à la fin des années 1990. Des négociations entre responsables de haut niveau nord-coréens et américains ont conduit la Corée du Nord à consentir à des inspections dirigées par les Etats-Unis.

La deuxième crise nucléaire nord-coréenne a sévèrement altéré les relations entre la Corée du Sud, la Corée du Nord et les Etats-Unis, qui avaient été établies par le biais de la déclaration conjointe du 15 juin.

Les relations semblaient être en cours de rétablissement après la visite, en octobre 2000, du chef de la 1ère Section la Commission nationale de la défense, Cho Myung-rok à la Maison blanche, et la visite de la secrétaire d’Etat américaine, Madeleine Albright, à Pyongyang.

Or, les relations entre la Corée du Nord et les Etats-Unis se sont rapidement détériorées avec l’arrivée au pouvoir de George Bush. Les Etats-Unis faisaient constamment état de leurs doutes vis-à-vis du respect de l’accord de Genève par la Corée du Nord. La Corée du Nord, de son côté, accusait les Américains de ne pas fournir les réacteurs à eau légère prévus par l’accord. Lors de la visite à Pyongyang en octobre 2002 d’une délégation, menée par le sous-secrétaire d’Etat américain James Kelly, la Corée du Nord a fait l’aveu de son programme nucléaire clandestin, provoquant ainsi la deuxième crise nucléaire nord-coréenne. Elle a renoncé au gel officiel de son programme nucléaire, se retirant du traité de non-prolifération le 1er octobre 2003. Pour ne rien arranger, la Corée du Nord était soupçonnée d’utiliser de l’uranium enrichi ainsi que du plutonium pour développer des armes nucléaires.

On a accusé la Corée du Nord de ne pas respecter l’accord de Genève en se livrant au développement secret d’armes nucléaires. Elle a répondu à ces accusations en montrant du doigt les Etats-Unis qui avaient failli aussi à l’accord en ne fournissant pas les réacteurs à eau légère qui lui avaient été promis.

La deuxième crise nucléaire nord-coréenne a mené la Corée du Nord et les Etats-Unis à une impasse. La Corée du Nord comptait sur l’engagement des Etats-Unis, demandant des concessions ainsi que des garanties de non-agression en échange de l’abandon de son programme nucléaire. Les Etats-Unis montraient une certaine réticence à négocier avec la Corée du Nord, considérant qu’on ne devait pas « récompenser de mauvaises actions ». Des négociations multilatérales entre les Etats-Unis, les deux Corées, la Chine, la Russie et le Japon ont alors été initiées pour sortir de l’impasse. La Chine a été désignée comme médiateur, et le premier cycle des pourparlers à six pays s’est tenu à Pékin en août 2003. Après un 2ème et un 3ème round infructueux, les négociations ont connu une trêve d’un peu plus d’un an avant que les participants conviennent d’un 4ème round, pour fin juillet 2005.