국정원 직원들이 사이버 공간에서 새누리당 박근혜 후보에게 유리한 댓글을 올리거나 찬반을 표시해 조직적으로 대통령선거에 개입했다는 의혹은 국군 사이버사령부 등까지 확산됐다.
검찰조사 결과 국정원 직원들은 트위터에도 많은 글을 올리거나 리트윗한 것으로 드러나면서 논란은 더욱 커졌다.
이에 대해 박근혜 대통령은 선거에서 국가기관의 어떠한 도움도 받은 바 없으며, 이는 공무원의 불법 정치행위로 검찰 수사 결과에 따른다는 입장을 고수하고 있다.
반면 야당은 엄정한 수사와 진실 규명, 이를 위한 특별검사 도입, 책임자 처벌, 대통령 사과 등을 요구하고 있다.
민주당은 한때 국회를 보이콧하고 서울광장에 천막을 치고 장외투쟁에 나서는 등 여야가 극한 대립을 계속하면서 국회는 파행을 거듭했고, 새해 예산안은 처리 시한인 12월2일을 넘겼다.
여야는 예산안 처리 시한에 임박해 국정원 개혁과 정치 개혁 등 2개 특위에는 합의했으나, 특검 도입은 계속 논의한다는 선에서 국회를 정상화했다.
이 사건은 처음부터 경찰의 졸속 수사 논란을 빚었고, 검찰 수사도 끊임없는 편중․외압 논란을 불러일으켰다.
특히 채동욱 검찰총장이 혼외 아들 문제로 사퇴했지만, 이 과정을 둘러싸고 이른바 ‘찍어내기’ 의혹이 해소되지 않고 있다.
최근 청와대 행정관이 채 총장 관련 개인정보 불법 열람에 연루된 것으로 알려지면서 후폭풍을 예고하고 있다
또 특별수사팀장이었던 윤석열 여주지청장이 공소장 변경, 국정원 직원 체포 등의 과정에서 법 절차를 무시했다는 이유로 지휘부가 직무에서 배제시키고 징계하는 등 검찰 내부 갈등도 빚어졌다.