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为加强应对传染病的能力，韩国政府决定以新冠病毒疫情为契机，将疾病管理本部升级为独立的疾病管理厅，并在其下设立各区域疾病应对中心。另外，国立保健研究院的所属问题此前曾引发争议，政府最终决定该机构所属不变，扩大改组为疾病管理厅下属国立传染病研究所。

政府16日在国务总理丁世均的主持下召开国务会议，审议并通过了包括上述内容的政府组织改组案。

现疾病管理本部是保健福祉部下属的次官级别机构，不具备人事权和预算权，不能独立决定专业人力扩充或预算制定等事项，主要任务为执行保健福祉部制定的政策。对此，不断有意见指出，由于疾病管理本部不具备自主地位，无法树立应对传染病的长期应对体系等，导致类似新冠病毒疫情等传染病暴发时只能被动收拾局面。疾病管理本部于2004年由国立保健院扩大改组而成，此后始终有意见指出，亟需提高该机构的地位，以确保其独立性和专业性。2015年韩国遭遇中东呼吸综合征疫情后，此类呼声更为高涨。当时政府在经过讨论后，只将疾病管理本部长从室长级别提升至次长级别，止步于内部改组。不过经历此次新冠病毒疫情，疾病管理本部最终成为具备独立性的机构。

改组后最令外界期待的是疾病管理厅将拥有独立的预算权和人事权，可大幅扩充专业人员。此前，疾病管理本部因缺乏医生背景的工作人员和流行病学调查官，被指专业性不足。此外，区域疾病应对中心设立后，将可以地区为单位展开迅速应对，这将成为又一个突破性的变化。区域疾病应对中心将负责现场流行病学调查和疾病调查及分析等任务，在一线支援地区防疫工作。随着疾病管理厅全权负责传染病和各类疾病的防疫、调查、检疫等任务，决策过程将缩短，政策决定有望加快。在现行制度下，政策决定须经过保健福祉部和疾病管理本部2道关口，升级为独立的疾病管理厅后，将可自行做出决策。

不过此次政府组织改组案的制定过程曾引起争议，受到不少批判。保健福祉部和行政安全部在原本制定的方案中，计划将国立保健研究院从疾病管理厅移至保健福祉部。该消息传出后，批判声四起，称不具备研究功能的疾病管理厅相当于没有大脑的四肢。此后韩国总统文在寅亲自指示重新制定方案，最终决定维持国立保健研究院的所属不变。

不过在这一系列摩擦中，疾病管理本部最希望的流行病学调查局和流行病学研究所新设问题并未能得到公开讨论。关于这一点，政府仅在组织改组案中添加了抽象性的表述，如补充人员和预算以实现“传染病危机应对常态化”、“加强使用信息收集和大数据分析等方法的传染病相关策略研究”等，并无任何具体内容。疾病管理本部长郑银敬对此表示，《政府组织法》完成修改后，可在制定低级法规时确定疾病管理厅组织结构的具体方案。