이 사건은 국가정보원이 8월 28일 이석기 의원과 김홍렬 경기도당 위원장 등 통합진보당 현역 의원과 당직자 등의 자택과 사무실 10여 곳에 대한 압수수색에 착수함으로써 본격화됐다.
국정원은 다음날 이석기 의원에 대해 내란음모 및 국가보안법 위반 등 혐의로 사전구속영장을 신청했고, 이어 지하혁명조직의 비밀회의 녹취록을 언론에 공개하는 등 발빠른 행보를 이어갔다.
이석기 의원은 국회가 9월4일 체포동의안을 본회의에서 통과시킴으로써 구속된 상태에서 수사를 받게 됐다.
이석기 의원 등은 지난 5월 지하혁명조직인 RO(Revolutionary Organization) 비밀회의에서 전쟁 발발시 국가기간시설 파괴를 모의하고 인명 살상 방안을 논의한 것으로 밝혀졌다.
국정원으로부터 사건을 송치받은 검찰은 전담반을 구성, 추가 수사를 벌여 9월 26일 이 의원 등을 기소한 데 이어 순차적으로 관련자 4명을 추가 기소했다.
이 사건의 1심 판결은 2014년 2월경에야 나올 것으로 보인다.
한편 법무부는 통합진보당에 대한 정당해산 심판을 청구했고, 정부는 11월 5일 국무회의를 열어 이를 심의·의결, 헌정사상 처음으로 헌법재판소에 제출했다.