憲法裁判所はまた、宗教的な理由から兵役の義務を拒否しているいわゆる「良心的兵役拒否者」に対する処罰を規定した兵役法第８８条は憲法に違反しているとして起した訴えについても、裁判官９人のうち、賛成７、反対２の賛成多数で合憲の決定を出しました。決定文によりますと、「良心の自由は、個人の人格と人間の尊厳性の実現で極めて重要な基本権ではあるが、その本質が、法の秩序に対する服従を拒否する権利ではなく、国の共同体が納得できる範囲内での良心を保護することを国に対して要求する権利だ」として、今の法律が著しく不合理だとは考え難いとしています。そのうえで、この問題については今後、国が解決策を見出さなければならないとして関係法の補完を勧告しました。