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自21世纪以来，随着转基因技术的研发迅猛发展，转基因作物的品种与产量也跟着大幅增长。虽然转基因增加农作物产量，降低生产成本，增强农作物的抗虫害、抗病毒能力等有很多优点，然而学界指出，转基因成分含有大肠菌等有害基因，可能对过敏、不孕、癌症等起到作用，而且目前的科学实验还没有彻底证实转基因食品无害，转基因食品的安全性已成为世人关注的焦点。

韩国政府还不允许农民种植转基因作物。然而据媒体报道，农业振兴厅、大专院校、研究所等团体自2011年以来，在全国各地进行转基因作物的试点栽培。其实在韩国，栽培玉米并不容易，玉米大多在江原道等山地栽培，这样很难用机器大量生产。而且如果在平地栽培，地价、人工费也不便宜，导致生产成本过高，由于进口转基因玉米相对便宜很多，因此食品公司都进口转基因作物作为原料生产加工食品。

目前，《食品卫生法》第12条规定，凡是含有转基因作物的加工食品必须标记为转基因食品，可是在超市很少见到印有转基因标识的加工食品，因为转基因标识的对象与方法依据食品医药品安全处的标识基准，现行的标准是如果在成分中没有转基因作物的蛋白质（或DNA）就不用注明为转基因食品，这样酱油、食用油、玉米糖浆等转基因作物含量最高的食品都不用标识转基因食品。

如今，转基因食品在韩国非常普遍，因为韩国是在全球进口转基因玉米、转基因大豆等转基因作物第二多的国家。韩国进口最多的转基因作物是大豆、玉米、棉花、芥花籽、甜菜、苜蓿等。去年，韩国从美国、巴西、加拿大等国进口了897万吨的转基因作物，这些作物大多是作为加工食品的原料、食品与动物饲料进口的，其中大部分是大豆与玉米，因为韩国的大豆与玉米的自给率分别只有10%与1%。